藤学園は、カトリック札幌教区初代教区長ヴェンセスラウス?キノルド司教が、「北海道の未来は女子教育にある」との確信から母国ドイツに女子教育の真の担い手になる人材の派遣を要請し、この要望に応えて殉教者聖ゲオルギオのフランシスコ修道会から三人の修道女が来道したことに由来する。
藤女子大学は、この意思を継ぎ、キリスト教的世界観や人間観を土台として、女性の全人的高等教育を通して、広く人類社会に対する愛と奉仕に生きる高い知性と豊かな人間性を備えた女性の育成を使命とする。
本学は、建学の理念の達成のため、時代の変化を見つめつつ、普遍的な本質を追究するために、教職員と学生の人格的触れ合いの中で、以下の目的を達成する。